Intégration de données et découverte de connaissances appliquées à la biologie
Résumé
Our work lies within the scope of the integration of biological data, the representation and the assistance to knowledge discovery with regard to a particular biological problem: the construction of biological regulation networks. We proposed an automated system allowing to build regulation networks starting from experiments of bio chips. This system was validated by biologists’ partners and bioinformatics researchers. We also proposed a formalism of representation and export of biological knowledge based on XML, and another one, based on the graph theory, having for goal to contribute to discovering new knowledge in biology, by searching for the similarity between the various networks of regulations. Finally, we developed a client of Web services in java, aiming to automatise the search for homologies between genetic sequences.
Notre travail s’inscrit dans le cadre de l’intégration de données biologiques, de la représentation et de l’aide à la découverte de connaissances en ce qui concerne un problème biologique particulier : la construction de réseaux de régulations biologiques. Nous avons proposé un système automatisé permettant de construire des réseaux de régulations à partir d’expériences de bio puces. Ce système a été validé par des partenaires biologistes et des chercheurs en bioinformatique. Nous avons également proposé un formalisme de représentation et d’exportation des connaissances biologiques basé sur XML, et un autre formalisme, basé sur la théorie des graphes, ayant pour but d’aider à la découverte de nouvelles connaissances en biologie, en recherchant la similarité entre les différents réseaux de régulations. Finalement, nous développé un client de services web en java, servant à automatiser la recherche d’homologies de séquences génétiques