La leptospirose est un problème de santé publique majeur dans les îles de l’Océan Indien. Des études récentes ont révélé des cycles de transmission distincts sur les diverses îles de la région, notamment à Madagascar et sur les îles françaises de Mayotte et de La Réunion. D’un point de vue évolutif, ces études démontrent la présence de différents cortèges bactériens sur les différentes îles. En effet, la faune sauvage de Madagascar héberge une diversité de leptospires pathogènes, dont une espèce endémique a été introduite sur l’île voisine de Mayotte, où elle est à l’origine d’une fraction non négligeable des infections aiguës chez l’Homme. En revanche, à La Réunion, la leptospirose humaine est causée par des leptospires dont la diversité génétique est clairement plus réduite car vraisemblablement d’introduction récente. D’un point de vue opérationnel, les données générées sur les îles françaises montrent que les rats ne sont pas les seuls animaux impliqués dans la transmission à l’Homme, suggérant au contraire l’implication d’autres animaux introduits, notamment les chiens qui méritent une attention particulière. Ces études, menées dans un cadre conceptuel « One Health », montrent que l’investigation du compartiment environnemental d’une zoonose permet d’éclairer les cycles de transmission en action dans chaque écosystème et, au-delà, contribue à orienter les stratégies de contrôle en les adaptant à chaque environnement.