Deux grandes voies de cytométrie sont habituellement distinguées: - cytométrie en flux où les cellules sont analysées à grande vitesse ; - la cytométrie en image, en particulier sur microscope confocal avec analyse d image morphologique intra-cellulaire avec balayage monopoint ou multipoint. Un des points clé des dispositifs optiques associés reste la source lumineuse. Celle-ci est généralement un laser sauf en microscopie confocale bien que dans ce domaine, les nouvelles microscopies fs se développent très rapidement. Les technologies des systèmes fs seront abordées de manière didactique pour cerner les intérêts de ces technologies, sources/systèmes/détecteurs en particulier pour la cytométrie en image. Dans le domaine de la cytométrie, l optique ultra-brève émerge actuellement grâce à la première génération des systèmes exploitant la fluorescence dite à deux photons. Auparavant de nombreux phénomènes linéaires ont été exploités : absorption, diffusion, méthodes diffractives, méthodes interférométriques, fluorescence à un photon, pression de radiation, photochimie, photolyse... Depuis quelques années l utilisation des phénomènes d optique non-linéaire apporte de grandes avancées techniques comme la fluorescence multiphotonique, la génération de deuxième et troisième harmonique, les effets paramétriques...