Des découvertes récentes, dans le lit du Doubs et de la Saône, notamment les observations et trouvailles réalisées à l’occasion de la fouille des ponts romains de Chalon-sur-Saône, permettent aujourd’hui de mieux connaitre les moulins présents sur ces cours d’eau. Les plus anciens témoins de meunerie hydraulique, correspondant à des meules, indiqueraient que des moulins (moulins bateaux, moulins pendants) seraient mis en place sur ces grands cours d’eau dès la période située entre l’Antiquité tardive et le haut Moyen Âge.