OntoBiotope: une ontologie pour croiser les habitats microbiens avec les analyses de génomes.
Résumé
L'évolution des technologies et des méthodes d'analyse nous permet désormais d'aborder des environnements complexes comme les écosystèmes microbiens: aliment, tube digestif, animal, traitement des eaux usées, sol, océan, etc., et la généralisation de ces approches métagénomiques à grande échelle
délivre une énorme quantité d'information en terme d'espèces de microorganismes identifiées dans les environnements étudiés. Il est alors envisageable de considérer globalement les propriétés des écosystèmes dans lesquels vivent ces microorganismes, ainsi que les interactions et les associations qu'ils développent avec leur environnement et entre eux-mêmes. Cependant, le croisement systématique des espèces microbiennes et de leurs habitats pour trouver des corrélations significatives avec phylogénies, fonctions connues, contenus en gènes ou autre se heurte à une difficulté majeure : les habitats microbiens sont décrits sous des formes très variables dans le texte des publications scientifiques ou des bases de données génomiques de référence comme GenBank, GOLD (Genomes Online Database) ou SRA (Sequence Read Archive).
Le projet OntoBiotope a développé des méthodes et des outils d'analyse automatisée pour exploiter ces ressources et d’en extraire des relations entre organismes et milieux. Ainsi, OntoBiotope devrait permettre d'appréhender plus finement le rôle des caractéristiques des milieux sur l'évolution des microorganismes et leurs propriétés physiologiques.
Domaines
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