Staphylococcus aureus est un des pathogènes majeurs impliqués dans les infections intramammaires (mammites) chez les ruminants. Les symptômes associés varient selon la sévérité des mammites pouvant aller de la mammite subclinique à la mammite gangréneuse. L’origine de cette variabilité dans le degré de sévérité de la mammite (virulence du pathogène/susceptibilité de l’hôte) n’est pas encore clairement établie. Objectifs: Identifier les différences entre des souches de S. aureus impliquées dans des mammites à degrés de sévérité différents de façon à déterminer des marqueurs de virulence staphylococciques. Méthode: Deux souches de S. aureus isolées de mammites gangréneuse (O11) et subclinique (O46) ont été séquencées par la méthode Illumina. Après culture in vitro dans des conditions mimant le contexte mammite, leur transcriptome et protéome ont été analysés et comparés respectivement par hybridation sur puce et par électrophorèse bidimensionnelle. Résultats: O11 et O46 sont génotypiquement et génétiquement proches. L’étude protéomique de ces 2 souches a montré cependant des différences nettes, notamment au niveau des profils des exoprotéines (surproduction de toxines tels que lukM/F’-PV, alpha hémolysine, d’enzymes glycolytiques comme l’énolase ou de protéines d’adhésion par la souche O11 en comparaison de O46). Le séquençage des 2 souches a permis de mettre en évidence la présence d’un phage supplémentaire dans la souche O46, de SNPs (1189 synonymes concernant 487 ORFs et 1104 non synonymes concernant 680 ORFs au niveau du génome central) et d’indels (~50) dans les deux souches. Les SNPs sont répartis sur l’ensemble du génome et concernent toutes les catégories fonctionnelles y compris certains facteurs de virulence qui présentent un ou plusieurs SNPs. L’analyse transcriptomique globale a permis d’établir un lien entre génome et protéome et d'expliquer certaines différences observées entre les deux souches. Conclusions Dans l’ensemble, ces résultats montrent que les différences de potentiel pathogène observées sur des souches de S. aureus peuvent être corrélées à leur contenu en gènes et surtout à leur capacité à exprimer et à produire certains facteurs de virulence. Certains gènes spécifiquement présents ou surexprimés dans l’une des deux souches pourraient être à l’origine du degré de sévérité des mammites. Ils constitueraient alors des marqueurs du degré de virulence chez les souches de S. aureus associées aux mammites ovines