La confrontation de points de vue scientifiques est une activité vieille comme la science. Cependant, jamais les scientifiques n'avaient été confrontés à un tel volume de publication qu'aujourd'hui. Cette explosion documentaire peut mettre en péril toute une partie de la créativité des chercheurs, en étouffant leur capacité à tisser des liens entre leurs travaux et ceux de leurs confrères. Nous examinons dans cet article l'apport que peuvent fournir les techniques d'alignement d'ontologies, dans le cadre de l'élaboration d'un outil de support à la confrontation de points de vue scientifiques. Nous présentons également l'environnement que nous développons dans ce sens, ainsi que deux mises en application dans des domaines différents.