Les idées saint-simoniennes d’Ismaÿl Urbain connaissent une application concrète en Algérie avec l’importante réforme administrative et foncière de 1863 qui affecte la moitié de la population autochtone avant 1870. A cette occasion, il est accusé par le parti coloniste d’être « indigénophile », un qualificatif contribuant à son isolement progressif à la fin des années 1860. Sa marginalité est pourtant relative si l’on confronte ses idées à celles de son milieu et de son temps. Il contribue puissamment comme conseiller-rapporteur du gouvernement d’Alger à faire de la réforme sa chose, c'est-à-dire un instrument de pénétration coloniale canalisée par l’Etat, où les ayants-droit algériens ont aussi un rôle à jouer. Il n’en est pas moins un partisan résolu des bouleversements introduits avant 1870 visant : par le découpage des « douars-communes » à « désagréger la tribu » ; par la « reconnaissance » des droits fonciers autochtones à fondre les modes de possession et d’usage du sol dans la loi française. Son « indigénophilie » renvoie donc surtout à un débat franco-français sur le rythme et la méthode adéquats pour coloniser.