L'histoire de la Terre peut être reconstituée au moyen d'archives naturelles telles que les sédiments accumulés dans les systèmes lacustres et issus de l'érosion des sols de leurs bassins versants. Le challenge pour les paléoenvironnementalistes est de décrypter les informations que recèlent ces archives pour reconstituer l'évolution temporelle de ces bassins versants. L'Institut des Sciences de la Terre d'Orléans a une longue tradition dans cet exercice, notamment à travers l'analyse des matières et molécules organiques préservées dans ces sédiments afin de reconstituer les interactions entre évolution climatique, trajectoires des sociétés, et dynamique des écosystèmes. Après avoir présenté la démarche générale et fourni quelques exemples de développement des biomarqueurs moléculaires appliqués aux reconstitutions paléoenvironnementales, l'exposé traitera de la représentativité (quantitative, spatiale et temporelle) de ces molécules dans l'archive sédimentaire, et des passerelles que ces questions suggèrent avec d'autres disciplines et communautés (biologie, archéologie, climatologie, écologie, dynamique des polluants….).