Parmi les outils permettant d'évaluer les impacts écologiques des altérations de débit des cours d'eau, les modèles d'habitat hydraulique couplent une modélisation hydraulique avec des modèles des exigences écologiques des espèces aquatiques. La simplification de ces modèles permet de les appliquer à l'échelle des bassins versants pour quantifier l'impact sur l'habitat hydraulique de la gestion des débits et des prélèvements. Nous réalisons sur le bassin Seine-Normandie un couplage original d'un modèle hydrologique distribué, de modèles de distribution spatiale des poissons et de modèles d'habitat simplifiés. Ce couplage montre que les prélèvements en nappe génèrent une altération des débits d'étiage modérée (médiane: 4.1 %) qui se traduit pour les espèces en place par une altération d'habitat favorable faible (médiane: 1.6 %). Néanmoins, la répartition spatiale des altérations permet d'identifier les territoires les plus impactés (altération d'habitat ~15 %), du fait de prélèvements importants et/ou de la présence d'espèces plus exigeantes. Une analyse des incertitudes suggère d'interpréter les résultats à l'échelle de territoires ou plus large, et l'exercice permet donc d'identifier les territoires sur lesquels une modélisation plus fine serait utile. Ces résultats ouvrent de nombreuses perspectives pour prendre en compte les milieux aquatiques dans la gestion quantitative des bassins.