Contexte – Le volume de données en biomédecine ne cesse de croître. En dépit d'une large adoption de l'anglais, une quantité significative de ces données est en français. Dans le do-maine de l’intégration de données, les terminologies et les ontologies jouent un rôle central pour structurer les données biomédicales et les rendre interopérables. Cependant, outre l'existence de nombreuses ressources en anglais, il y a beaucoup moins d'ontologies en français et il manque crucialement d'outils et de services pour les exploiter. Cette lacune contraste avec le montant considérable de données biomédicales produites en français, par-ticulièrement dans le monde clinique (e.g., dossiers médicaux électroniques). Methode & Résultats – Dans cet article, nous présentons certains résultats du projet In-dexation sémantique de ressources biomédicales francophones (SIFR), en particulier le SIFR BioPortal, une plateforme ouverte et générique pour l’hébergement d’ontologies et de terminologies biomédicales françaises, basée sur la technologie du National Center for Biomedical Ontology. Le portail facilite l’usage et la diffusion des ontologies du domaine en offrant un ensemble de services (recherche, alignements, métadonnées, versionnement, vi-sualisation, recommandation) y inclus pour l’annotation sémantique. En effet, le SIFR An-notator est un outil d’annotation basé sur les ontologies pour traiter des données textuelles en français. Une évaluation préliminaire, montre que le service web obtient des résultats équivalents à ceux reportés précedement, tout en étant public, fonctionnel et tourné vers les standards du web sémantique. Nous présentons également de nouvelles fonctionnalités pour les services à base d’ontologies pour l’anglais et le français.