Les pullulations de campagnol terrestre et de campagnol des champs, deux espèces de rongeurs vivant principalement dans les prairies, sont périodiquement d’une actualité préoccupante pour les exploitations agricoles. Les deux espèces sont les proies principales d’un riche cortège de prédateurs qui contribue à la biodiversité régionale et à leur régulation, mais dont les reports de prédation peuvent impacter localement des espèces d’intérêt cynégétique ou patrimonial. Ces systèmes complexes modulent également la transmission d’un certain nombre de zoonoses intéressant la santé publique et vétérinaire. Ils sont étudiés depuis maintenant une trentaine d’année dans la Zone atelier Arc jurassien (http://zaaj.univ-fcomte.fr). Ils conduisent à des jeux d’acteurs subtils par lesquels des points de convergence doivent être trouvés entre des services écosystémiques qui peuvent apparaître contradictoires a priori : protection des cultures et qualité des produits alimentaires, protection des espèces patrimoniales, production cynégétique, santé, voire tourisme. Ces questions ne concernent plus seulement les zones d’altitude du massif du Jura, mais aussi le Morvan et les zones de grande culture de basse altitude où techniques culturales simplifiées et semis direct se popularisent. L’objectif de cet exposé est de montrer quels sont les principaux processus en cause et leur dynamique à long terme, qui, de plusieurs manières, portent conséquences sur la faune et la flore régionale des espaces dits « naturels » bourguicomtois, dont la quasi-totalité sont en fait anthropogènes, c’est-à-dire le résultat transitoire d’économies agricole et forestière adaptatives, dans un contexte biogéographique donné.