Cette contribution se propose d'étudier les conditions d'une coopération entre enseignants et didacticiens visant une analyse et une transformation des pratiques d'enseignement scientifique au début de l'école primaire dans les contextes français et genevois. Ce questionnement naît à la croisée du travail d’explication et compréhension du fonctionnement des systèmes didactiques ordinaires (Schubauer-Leoni & Leutenegger, 2002) et de l’intérêt croissant des didacticiens francophones pour le développement de recherches dites "collaboratives" dans le domaine de l’éducation et de la formation dans lesquelles enseignants et chercheurs co-construisent des dispositifs d’enseignement, analysent ensemble des productions d’élèves, mènent des analyses croisées de leçons mises en œuvre par plusieurs enseignants au moyen de traces vidéo de l'activité en classe, etc. (Kahn, Hersant & Orange Ravachol (Ed) 2010; Sensevy, Forest, Quilio & Morales, 2013). Notre étude se focalise sur l'analyse de deux moments clés du processus de recherche : -celui des modalités opérationnelles conduisant à un partage des responsabilités entre enseignant et chercheur, certaines tâches pouvant être réalisées par les deux instances au même moment ou à des moments différents. -celui de l'analyse des données intégrant une auto-confrontation de l'enseignant et du chercheur à une sélection de traces vidéos de l'activité qui s'est déroulée en classe. Cette analyse nous a permis de saisir les difficultés qui émergent de la négociation des places entre les différentes instances et ainsi de précier les conditions de possibilités d'une zone interprétative partagée (au sens de Bednarz, 2013) des phénomènes d’enseignement et d’apprentissage des savoirs scientifiques.