La mise en place de la Réserve de Biosphère du Delta du Danube, tout de suite après la chute du régime communiste, place cette région si particulière en Europe, dans un processus de transition très complexe, comprenant des dynamiques socio-économiques et écologiques interdépendantes et complexes. Dans cet article, nous montrons comment la mise en place d'une réserve naturelle a été l'élément central de cette transition, à travers les reconfigurations institutionnelles et territoriales dont elle a été porteuse. Cette nouvelle structure de gestion se voie face aux difficultés d'harmonisation de l'équilibre écologique de la région avec les besoins de développement local.