Malgré un ensemble d’actions visant à favoriser l’égalité professionnelle entre les femmes et les hommes, les inégalités de salaire selon le genre persistent, non seulement au sein du secteur privé, mais également au sein de la fonction publique. L’objectif de cet article est d’identifier et de quantifier avec précision les principales sources de l’écart de rémunération entre les agents masculins et féminins titulaires au sein des trois versants de la fonction publique, étape préalable indispensable à la mise en œuvre de toute politique publique visant à réduire ces inégalités. L’originalité de l’étude est de mettre en œuvre une méthode de décomposition non paramétrique permettant d’évaluer très précisément l’importance respective des principales sources de l’écart de rémunération selon le sexe pour deux raisons. D’une part, elle surmonte les problèmes méthodologiques inhérents aux méthodes de décomposition paramétriques. D’autre part, l’évaluation est d’autant plus précise qu’elle est réalisée en considérant l’exhaustivité d’une population. Or, les données mobilisées sont issues du Système d’Information sur les Agents des Services Publics (SIASP) qui couvre de manière exhaustive les agents de la fonction publique. , Les résultats révèlent des configurations inégalitaires très différentes dans les trois versants de la fonction publique, suggérant des mesures spécifiques de promotion de l’égalité salariale. Même si les différences en termes de nombre d’heures entre hommes et femmes constituent systématiquement l’une des deux principales sources de l’écart de rémunération selon le sexe au sein de chaque versant de la fonction publique, c’est dans la FPH que ce facteur a le pouvoir explicatif le plus important puisqu’il explique plus de la moitié de cet écart. En revanche, la ségrégation professionnelle représente la principale cause de cet écart pour les agents de la FPE et de la FPT. En effet, si les pouvoirs publics étaient en mesure de corriger l’inégale répartition selon le sexe entre les catégories, les ministères ou les filières, les corps et les grades, l’avantage salarial des hommes se réduirait de plus de 50%. En outre, dans ces deux versants, une part non négligeable de cette ségrégation est verticale au sens où elle provient d’accès inégaux des hommes et des femmes à certains corps et grades.