Le présent article étudie les relations qui se tissent entre les jardins familiaux et la notion de biodiversité. Pour ce faire, il confronte deux échelles d'analyse. À l'échelle nationale, il montre que la biodiversité procède pleinement de la stratégie de la Fédération nationale des jardins familiaux et collectifs en faveur de la (ré)affirmation de ces potagers urbains. Cette structure accompagne ainsi des projets pensés comme durables et conçus pour être favorables à la faune et à la flore. À l'échelle locale, les relevés écologiques réalisés dans des sites marseillais désignent les jardins familiaux comme des réservoirs d'une biodiversité abondante mais ordinaire. Face à l'urbanisation, celle-ci sert souvent d'argument de défense pour les associations de gestion. Les jardins familiaux génèrent, par ailleurs, des considérations et des pratiques renouvelées, mais encore fortement empreintes de représentations et d'ambiguïtés à l'égard de la notion de biodiversité. De fait, la flore spontanée et la faune du sol demeurent des impensés de l'écosystème du potager.