Gérer les écosystèmes de façon à respecter leur fonctionnement écologique soulève des enjeux de coordination d’acteurs aux intérêts divergents et d’innovation. Or, bien que la gestion des écosystèmes fasse l’objet de nombreuses recherches, celles-ci portent peu sur les processus collectifs d’innovation. En nous appuyant sur le modèle « fonds-flux » de Georgescu-Roegen, nous modélisons les écosystèmes comme des « fonds écologiques ». Nous montrons que les modes de régulation existants, basés sur les concepts de services écosystémiques et de biens communs, considèrent les fonds comme donnés et se concentrent sur la production de flux. Reconnaître la dimension ouverte, partiellement inconnue, des fonds écologiques, permet d’initier des processus collectifs de conception d’écosystèmes innovants. Cette approche ouvre de nouvelles perspectives managériales pour les agroécosystèmes.