Open science resources for the discovery and analysis of Tara Oceans data
Stéphane Pesant
(1, 2)
,
Fabrice Not
(3)
,
Marc Picheral
(4)
,
Stefanie Kandels-Lewis
(5)
,
Noan Le Bescot
(6)
,
Gabriel Gorsky
(4)
,
Daniele Iudicone
(7)
,
Eric Karsenti
(8)
,
Sabrina Speich
(9)
,
Romain Troublé
(10)
,
Céline Dimier
(11)
,
Sarah Searson
(11)
,
Silvia G. Acinas
(12)
,
Peer Bork
(13)
,
Emmanuel Boss
(14)
,
Chris Bowler
(8)
,
Colomban de Vargas
(6)
,
Michael Follows
(15)
,
Nigel Grimsley
(16, 17)
,
Pascal Hingamp
(18)
,
Olivier Jaillon
(19, 20)
,
Lee Karp-Boss
(14)
,
Uros Krzic
(5)
,
Hiroyuki Ogata
(21)
,
Jeroen Raes
(22)
,
Emmanuel G. Reynaud
(23)
,
Christian Sardet
(24)
,
Mike Sieracki
(25)
,
Lars Stemmann
(4)
,
Matthew B. Sullivan
(26)
,
Shinichi Sunagawa
(27)
,
Didier Velayoudon
(28)
,
Jean Weissenbach
(20)
,
Patrick Wincker
(20)
1
MARUM -
Center for Marine Environmental Sciences [Bremen]
2 PANGAEA Consulting Engineers
3 DIPO - Diversité et Interactions au sein du Plancton Océanique
4 LOV - Laboratoire d'océanographie de Villefranche
5 EMBL - European Molecular Biology Laboratory [Heidelberg]
6 EPEP - Evolution des Protistes et Ecosystèmes Pélagiques
7 SZN - Stazione Zoologica Anton Dohrn
8 IBENS - Institut de biologie de l'ENS Paris
9 LPO - Laboratoire de physique des océans
10 Tara Expéditions
11 AD2M - Adaptation et diversité en milieu marin
12 Department of Marine Biology and Oceanography [Barcelone]
13 EMBL - European Molecular Biology Laboratory [Grenoble]
14 University of Maine
15 EAPS - Department of Earth, Atmospheric and Planetary Sciences [MIT, Cambridge]
16 BIOM - Biologie intégrative des organismes marins
17 OOB - Observatoire océanologique de Banyuls
18 IGS - Information génomique et structurale
19 UMR 8030 - Génomique métabolique
20 GENOSCOPE - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
21 Kyoto University
22 Rega Institute - VIB Center for the Biology of Disease, Department of Microbiology and Immunology, Bioinformatics and (eco-)systems Biology Laboratory, Louvain, Belgique
23 School of Biology & Environmental Science
24 LBDV - Laboratoire de Biologie du Développement de Villefranche sur mer
25 Bigelow Laboratory for Ocean Sciences
26 Department of Ecology and Evolutionary Biology [University of Arizona]
27 European Molecular Biology Laboratory
28 DVIPC
2 PANGAEA Consulting Engineers
3 DIPO - Diversité et Interactions au sein du Plancton Océanique
4 LOV - Laboratoire d'océanographie de Villefranche
5 EMBL - European Molecular Biology Laboratory [Heidelberg]
6 EPEP - Evolution des Protistes et Ecosystèmes Pélagiques
7 SZN - Stazione Zoologica Anton Dohrn
8 IBENS - Institut de biologie de l'ENS Paris
9 LPO - Laboratoire de physique des océans
10 Tara Expéditions
11 AD2M - Adaptation et diversité en milieu marin
12 Department of Marine Biology and Oceanography [Barcelone]
13 EMBL - European Molecular Biology Laboratory [Grenoble]
14 University of Maine
15 EAPS - Department of Earth, Atmospheric and Planetary Sciences [MIT, Cambridge]
16 BIOM - Biologie intégrative des organismes marins
17 OOB - Observatoire océanologique de Banyuls
18 IGS - Information génomique et structurale
19 UMR 8030 - Génomique métabolique
20 GENOSCOPE - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
21 Kyoto University
22 Rega Institute - VIB Center for the Biology of Disease, Department of Microbiology and Immunology, Bioinformatics and (eco-)systems Biology Laboratory, Louvain, Belgique
23 School of Biology & Environmental Science
24 LBDV - Laboratoire de Biologie du Développement de Villefranche sur mer
25 Bigelow Laboratory for Ocean Sciences
26 Department of Ecology and Evolutionary Biology [University of Arizona]
27 European Molecular Biology Laboratory
28 DVIPC
Fabrice Not
- Fonction : Auteur
- PersonId : 742485
- IdHAL : fabrice-not
- ORCID : 0000-0002-9342-195X
- IdRef : 089285824
Marc Picheral
- Fonction : Auteur
- PersonId : 758224
- ORCID : 0000-0001-8172-5473
Noan Le Bescot
- Fonction : Auteur
- PersonId : 753951
- IdHAL : noan-le-bescot
- ORCID : 0000-0003-1406-9140
Gabriel Gorsky
- Fonction : Auteur
- PersonId : 775404
- ORCID : 0000-0002-1099-8711
Daniele Iudicone
- Fonction : Auteur
- PersonId : 757541
- ORCID : 0000-0002-7473-394X
- IdRef : 139806903
Emmanuel Boss
- Fonction : Auteur
- PersonId : 774380
- ORCID : 0000-0002-8334-9595
- IdRef : 195135229
Chris Bowler
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1228231
- IdHAL : chris-bowler
- ORCID : 0000-0003-3835-6187
- IdRef : 06874904X
Colomban de Vargas
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1196134
- IdHAL : colomban-de-vargas
- ORCID : 0000-0002-6476-6019
- IdRef : 144372401
Pascal Hingamp
- Fonction : Auteur
- PersonId : 8575
- IdHAL : pascal-hingamp
- ORCID : 0000-0002-7463-2444
- IdRef : 174369948
Olivier Jaillon
- Fonction : Auteur
- PersonId : 756900
- IdHAL : olivier-jaillon
- ORCID : 0000-0002-7237-9596
- IdRef : 119733374
Lars Stemmann
- Fonction : Auteur
- PersonId : 762924
- IdHAL : lars-stemmann
- ORCID : 0000-0001-8935-4531
- IdRef : 157238024
Jean Weissenbach
- Fonction : Auteur
- PersonId : 911249
Patrick Wincker
- Fonction : Auteur
- PersonId : 757160
- IdHAL : patrick-wincker
- ORCID : 0000-0001-7562-3454
Résumé
The Tara Oceans expedition (2009–2013) sampled contrasting ecosystems of the world oceans, collecting environmental data and plankton, from viruses to metazoans, for later analysis using modern sequencing and state-of-the-art imaging technologies. It surveyed 210 ecosystems in 20 biogeographic provinces, collecting over 35,000 samples of seawater and plankton. The interpretation of such an extensive collection of samples in their ecological context requires means to explore, assess and access raw and validated data sets. To address this challenge, the Tara Oceans Consortium offers open science resources, including the use of open access archives for nucleotides (ENA) and for environmental, biogeochemical, taxonomic and morphological data (PANGAEA), and the development of on line discovery tools and collaborative annotation tools for sequences and images. Here, we present an overview of Tara Oceans Data, and we provide detailed registries (data sets) of all campaigns (from port-to-port), stations and sampling events.
Origine | Publication financée par une institution |
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