Eukaryotic plankton diversity in the sunlit ocean - Archive ouverte HAL
Article Dans Une Revue Science Année : 2015

Eukaryotic plankton diversity in the sunlit ocean

Noan Le Bescot (1) , Ian Probert (2) , Margaux Carmichael , Julie Poulain (3) , Sarah Romac (4) , Sebastien Colin (4, 5) , Jean-Marc Aury (6) , Lucie Bittner (7, 8) , Samuel Chaffron (9) , Micah Dunthorn (8) , Stefan Engelen (6) , Olga Flegontova , Lionel Guidi (10, 11) , Ales Horák (12) , Olivier Jaillon (13, 3) , Gipsi Lima-Mendez , Julius Lukes , Shruti Malviya (5) , Raphaël Morard (14, 4) , Matthieu Mulot , Eleonora Scalco , Raffaele Siano (15) , Flora Vincent (16) , Adriana Zingone (17) , Celine Dimier , Marc Picheral (11) , Sarah Searson , Stefanie Kandels-Lewis (18) , Silvia G. Acinas , Peer Bork (19) , Chris Bowler (5) , Gabriel Gorsky (11) , Nigel Grimsley (20, 21) , Pascal Hingamp (22) , Daniele Iudicone (17) , Fabrice Not (1) , Hiroyuki Ogata (23) , Stephane Pesant (24) , Jeroen Raes (25) , Michael E. Sieracki , Sabrina Speich (26) , Lars Stemmann (11) , Shinichi Sunagawa (27) , Jean Weissenbach (3) , Patrick Wincker (13) , Eric Karsenti (5) , Tara Oceans Coordinators , Stéphane Audic (4) , Nicolas Henry (28) , Johan Decelle (4) , Frédéric Mahé (29) , Ramiro Logares (30) , Enrique Lara (31) , Cédric Berney (4)
1 DIPO - Diversité et Interactions au sein du Plancton Océanique
2 AD2M - Adaptation et diversité en milieu marin
3 GENOSCOPE - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
4 EPEP - Evolution des Protistes et Ecosystèmes Pélagiques
5 IBENS - Institut de biologie de l'ENS Paris
6 LBGB - Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
7 IBPS - Institut de Biologie Paris Seine
8 Department of ecology
9 SIB - Swiss Institute of Bioinformatics [Lausanne]
10 Department of Oceanography
11 LOV - Laboratoire d'océanographie de Villefranche
12 FI / MUNI - Faculty of Informatics [Brno]
13 UMR 8030 - Génomique métabolique
14 MARUM - Center for Marine Environmental Sciences [Bremen]
15 DYNECO - Unité Dynamiques des Écosystèmes Côtiers
16 DEOS - Département Electronique, Optronique et Signal
17 SZN - Stazione Zoologica Anton Dohrn
18 EMBL - European Molecular Biology Laboratory [Heidelberg]
19 EMBL - European Molecular Biology Laboratory [Grenoble]
20 BIOM - Biologie intégrative des organismes marins
21 OOB - Observatoire océanologique de Banyuls
22 IGS - Information génomique et structurale
23 Kyoto University
24 Universität Bremen [Deutschland] = University of Bremen [Germany] = Université de Brême [Allemagne]
25 Rega Institute - VIB Center for the Biology of Disease, Department of Microbiology and Immunology, Bioinformatics and (eco-)systems Biology Laboratory, Louvain, Belgique
26 LPO - Laboratoire de physique des océans
27 European Molecular Biology Laboratory
28 EPEP - Evolution des Protistes et Ecosystèmes Pélagiques
29 Department of ecology
30 ICM - Institute of Marine Sciences / Institut de Ciències del Mar [Barcelona]
31 Laboratory of Soil Biodiversity
Noan Le Bescot
Diversité et Interactions au sein du Plancton Océanique
Ian Probert
Adaptation et diversité en milieu marin
Margaux Carmichael
  • Fonction : Auteur
Julie Poulain
Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
Sarah Romac
  • Fonction : Auteur
Evolution des Protistes et Ecosystèmes Pélagiques
Sebastien Colin
Evolution des Protistes et Ecosystèmes Pélagiques
Institut de biologie de l'ENS Paris
Jean-Marc Aury
Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
CV
Lucie Bittner
Institut de Biologie Paris Seine
Department of ecology
CV
Samuel Chaffron
Swiss Institute of Bioinformatics [Lausanne]
Micah Dunthorn
  • Fonction : Auteur
Department of ecology
Stefan Engelen
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 1322751
  • IdHAL : sengelen
Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
Olga Flegontova
  • Fonction : Auteur
Lionel Guidi
Department of Oceanography
Laboratoire d'océanographie de Villefranche
CV
Ales Horák
  • Fonction : Auteur
Faculty of Informatics [Brno]
Olivier Jaillon
Génomique métabolique
Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
CV
Gipsi Lima-Mendez
  • Fonction : Auteur
Julius Lukes
  • Fonction : Auteur
Shruti Malviya
  • Fonction : Auteur
Institut de biologie de l'ENS Paris
Raphaël Morard
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 949122
Center for Marine Environmental Sciences [Bremen]
Evolution des Protistes et Ecosystèmes Pélagiques
Matthieu Mulot
  • Fonction : Auteur
Eleonora Scalco
  • Fonction : Auteur
Raffaele Siano
  • Fonction : Auteur
Unité Dynamiques des Écosystèmes Côtiers
Flora Vincent
  • Fonction : Auteur
Département Electronique, Optronique et Signal
Adriana Zingone
Stazione Zoologica Anton Dohrn
Celine Dimier
  • Fonction : Auteur
Marc Picheral
Laboratoire d'océanographie de Villefranche
Sarah Searson
  • Fonction : Auteur
Stefanie Kandels-Lewis
  • Fonction : Auteur
European Molecular Biology Laboratory [Heidelberg]
Silvia G. Acinas
  • Fonction : Auteur
Peer Bork
  • Fonction : Auteur
European Molecular Biology Laboratory [Grenoble]
Chris Bowler
Institut de biologie de l'ENS Paris
CV
Gabriel Gorsky
Laboratoire d'océanographie de Villefranche
Nigel Grimsley
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 974062
Biologie intégrative des organismes marins
Observatoire océanologique de Banyuls
Pascal Hingamp
Information génomique et structurale
CV
Daniele Iudicone
Stazione Zoologica Anton Dohrn
Fabrice Not
Diversité et Interactions au sein du Plancton Océanique
Hiroyuki Ogata
Kyoto University
Stephane Pesant
  • Fonction : Auteur
Universität Bremen [Deutschland] = University of Bremen [Germany] = Université de Brême [Allemagne]
Jeroen Raes
  • Fonction : Auteur
Rega Institute - VIB Center for the Biology of Disease, Department of Microbiology and Immunology, Bioinformatics and (eco-)systems Biology Laboratory, Louvain, Belgique
Michael E. Sieracki
  • Fonction : Auteur
Sabrina Speich
  • Fonction : Auteur
Laboratoire de physique des océans
Lars Stemmann
Laboratoire d'océanographie de Villefranche
CV
Shinichi Sunagawa
  • Fonction : Auteur
European Molecular Biology Laboratory
Jean Weissenbach
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 911249
Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
Patrick Wincker
Génomique métabolique
CV
Eric Karsenti
  • Fonction : Auteur
Institut de biologie de l'ENS Paris
Tara Oceans Coordinators
  • Fonction : Auteur
Stéphane Audic
Evolution des Protistes et Ecosystèmes Pélagiques
Nicolas Henry
Evolution des Protistes et Ecosystèmes Pélagiques
Johan Decelle
Evolution des Protistes et Ecosystèmes Pélagiques
Frédéric Mahé
Department of ecology
Ramiro Logares
Institute of Marine Sciences / Institut de Ciències del Mar [Barcelona]
Enrique Lara
Laboratory of Soil Biodiversity
Cédric Berney
Evolution des Protistes et Ecosystèmes Pélagiques

Résumé

Marine plankton support global biological and geochemical processes. Surveys of their biodiversity have hitherto been geographically restricted and have not accounted for the full range of plankton size. We assessed eukaryotic diversity from 334 size-fractionated photic-zone plankton communities collected across tropical and temperate oceans during the circumglobal Tara Oceans expedition. We analyzed 18S ribosomal DNA sequences across the intermediate plankton-size spectrum from the smallest unicellular eukaryotes (protists, > 0.8 micrometers) to small animals of a few millimeters. Eukaryotic ribosomal diversity saturated at similar to 150,000 operational taxonomic units, about one-third of which could not be assigned to known eukaryotic groups. Diversity emerged at all taxonomic levels, both within the groups comprising the similar to 11,200 cataloged morphospecies of eukaryotic plankton and among twice as many other deep-branching lineages of unappreciated importance in plankton ecology studies. Most eukaryotic plankton biodiversity belonged to heterotrophic protistan groups, particularly those known to be parasites or symbiotic hosts.

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Soumis le : mercredi 14 avril 2021-16:53:24

Dernière modification le : lundi 18 novembre 2024-16:03:59

Archivage à long terme le : jeudi 15 juillet 2021-19:08:51

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hal-01253979 , version 1 (14-04-2021)

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Citer

Noan Le Bescot, Ian Probert, Margaux Carmichael, Julie Poulain, Sarah Romac, et al.. Eukaryotic plankton diversity in the sunlit ocean. Science, 2015, 348 (6237), pp.1261605. ⟨10.1126/science.1261605⟩. ⟨hal-01253979⟩

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