L'agroécologie s'appuie sur la présence de la biodiversité dans les agrosystèmes. Elle réintroduit ainsi l'aléa, le risque, l'incertitude qui exigent inventivité, créativité, originalité dans la gestion des agroécosystèmes, celle-ci ne pouvant plus se cantonner à des schémas standardisés. La logique de système et la prise en compte des éléments naturels comme pivot de la construction du savoir agro-écologique induisent la réintroduction de la complexité, de l'incertitude et du sensible dans le re-penser des agroécosystèmes, ainsi qu'un changement de paradigme en éducation. La rupture pédagogique initiée exige d'accompagner la formation complexe et déroutante de la construction des savoirs agroécologiques. Pour ce faire, il faut aborder la double problématique des spécificités de leur mode d'acquisition et de leur transmission. Enfin, l'ingénieur agronome de demain devra aussi apprendre la curiosité d'un autre rapport au réel pour s'adapter à des modèles en perpétuel changement. La présentation prendra sa source à la fois dans un travail d'ingénierie mené depuis 2009 sur les pédagogies adaptées aux savoirs innovants pour la transition agroécologique et un travail de recherche en anthropologie de l'environnement sur l'hybridation de savoirs nécessaires pour pratiquer l'agroécologie.