"Truffinet": Inférence de réseaux d'interactions microbiennes dans la truffe. Rapport scienti que du PEPS Mirabelles 2014
Résumé
L'objectif est de caractériser les interactions microbiennes dans un environnement particulier : la truffe. La truffe abrite en effet de nombreuses communautés bactériennes, qui interagissent entre elles de façon complexe. Il est communément admis que les bactéries jouent un rôle dans le développement de la truffe, et en particulier de son arôme, mais quasiment rien n'est connu en ce qui concerne les interactions et les fonctionnalités potentielles des différentes communautés bactériennes habitant la truffe.
D'un point de vue mathématique, deux micro-organismes interagissent entre eux si ils ne sont pas indépendants, conditionnellement aux autres micro-organismes. Plusieurs modèles mathématiques peuvent s'adapter à cette définition, en particulier les modèles graphiques gaussiens, les réseaux bayésiens, et les modèles graphiques log-linéaires.
Or les données dont nous disposons sont à inflations de zéros. Cela nécessite donc de développer de nouveaux modèles. De plus, à cause du nombre très important de micro-organismes recensé, et du coût des techniques de comptage, les tailles d'échantillons dont nous disposons sont très petites par rapport au nombre de variables considérées.
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