Confronté à une forte pression concurrentielle des marchés, le secteur coopératif agricole français est actuellement en profonde mutation. L'objectif de cet article est, dans la lignée des travaux issus de l'économie de l'innovation et l'économie de la connaissance, de montrer la pertinence d'une analyse des réseaux d'acteurs pour comprendre la nature des changements en cours. Notre méthodologie permet notamment de mettre en évidence les compétences et connaissances impliquées dans le fonctionnement d'une entreprise. Nous avons ainsi analysé les réseaux tissés par les coopératives avec les producteurs, les institutionnels et les partenaires de la recherche. Les premiers résultats d'une enquête exhaustive sur la région Midi-Pyrénées montrent des interdépendances très fortes entre les acteurs coopératifs, ce qui questionne le cadre classique des processus d'innovation favorisés par des mises en réseau de partenaires hétérogènes. En fédérant l'amont de la production, et en investissant l'aval des filières par le biais des démarches de certification et de qualité, les coopératives cherchent à accroître la plus-value de leurs produits. Elles se trouvent en position charnière pour combiner des savoir-faire locaux et des savoirs organisationnels.