Evaluation génomique du poids d'oeuf chez des poules pondeuses soumises à différents régimes alimentaires
Résumé
The ANR UtOplGe project aims at assessing the value of genomic selection in pyramidal selection schemes, where
the selection is conducted on a small size nucleus, before the wide dissemination of genetic progress through
successive stages of multiplication and production. We present preliminary results in a selection scheme of laying
hens and we also analyze possible interactions genotype x environment (G x E) through two diets differentiated on
the given energy leve! (Low Energy, BE with 2455 kea! vs. High Energy, HE with 2881 kea!). The reference
population consisted of 453 roosters of a pure li ne, genotyped with a high density chip (Aft)m etrix® Axiom® HD
600k SNPs chip). Associated phenotypes were those of3 1,38ldaughters ofthese males, obtained by crossing with
another line, housed in multiple cages and equally allocated to one or the other of the two diets. The val idation was
based on the genetic evaluation and selection within 551 males candidates, sons of the preceding ones. These
candidates were simply genotyped when selected and performance oftheir sisters were not yet available. Genomic
indices were estimated according to the "Single Step" procedure. This analysis focused on egg weight at 65 weeks
of age. While genetic parameters estimated with the markers information were quite similar to those obtained with
the conventional pedigree information in pure Iine, calculated genomic indices were significantly more accurate
than pedigree index, with a reliability (CD) twice as high for candidates known only on genotype. Moreover, for
egg weight, no significant G x E interaction (estimated genetic correlation> 0.90) between diets was observed.
These encouraging results support the establishment of a routine genomic selection in laying hens.
Le programme ANR UtOplGe vise à évaluer l' intérêt de la sélection génomique dans des filières pyramidales, où la
sélection est menée sur un noyau de taille restreinte, avant une large diffusion du progrès génétique via les étages
successifs de multiplication et production. Nous présentons ici les résultats préliminaires dans un schéma de
sélection de poules pondeuses, où nous analysons également d'éventuelles interactions Génotype x Environnement
(GxE), au travers de deux régimes alimentaires différenciés sur le niveau d'énergie apporté (régime Basse Energie,
BE, à 2455 kea! vs. régime Haute Energie, HE, à 2881 kea!). La population de référence est constituée par 453 coqs
d'une lignée pure commerciale, génotypés avec une puce haute densité (la puce AffYmetrix® Axiom® HD 600k
SNP). Les phénotypes associés sont ceux de 3 13 81 filles de ces coqs, obtenues par croisement avec une autre
lignée, élevées en cages multiples et soumises pour moitié à l'un ou l'autre des deux régimes alimentaires. La
validation consiste à évaluer puis sélectionner parmi 551 coqs candidats. fils des précédents. Les coqs candidats
sont simplement génotypés au moment du choix et les performances de leurs soeurs ne sont pas encore disponibles.
Un index génomique est estimé, selon la procédure« Single Step ». La présente analyse porte sur le poids des oeufs
à 65 semaines. Alors que les paramètres génétiques obtenus avec l' information des marqueurs sont assez
semblables à ceux obtenus en lignée pure avec l'évaluation classique, les indices génomiques calculés sont
nettement plus précis que des indices sur ascendance, avec un CD deux fo is plus élevé pour les candidats connus
uniquement sur génotype. Par ailleurs, pour le poids d'oeuf on ne constate pas d'interaction GxE notable
(corrélation génétique estimée >0.90) entre les régimes. Ces résultats encourageants plaident en faveur de la mise
en place d 'une sélection génomique de routine chez la poule pondeuse.