La comparaison d’empreintes globales en métabolomique, ou « metabolic fingerprinting », est une approche non ciblée pour étudier la qualité et la sécurité des aliments [1]. Cette approche n’a pas encore été évaluée pour le métabolome soluble d’un aliment fermenté complexe comme le fromage, en couplant une technique séparative à la spectrométrie de masse. Cette étude a pour but d'évaluer la capacité des empreintes globales de spectrométrie de masse à révéler sans a priori les modifications induites par le métabolisme bactérien in situ dans le fromage au cours de la période d’affinage [2]. Les fromages modèles ont été inoculés avec Lactococcus lactis LD61. La chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse à haute résolution a été utilisée à 0, 8 et 48 h d’incubation pour caractériser le métabolome soluble dans l'eau et la chromatographie en phase gazeuse couplée à la spectrométrie de masse pour le métabolome volatil. L’identification des ions discriminants de la croissance bactérienne pour le métabolome soluble ont pu être annotés grâce à une banque de données spectrales [3]. Les empreintes métabolomiques ont permis de discriminer les fromages en fonction du temps, prouvant ainsi la capacité de cette approche à étudier les évolutions du métabolisme bactérien in situ au cours du temps. Quarante-cinq métabolites ont été identifiés. Certains métabolites sont bien connus du métabolisme bactérien tels que 12 acides aminés et 25 composés volatils mais d’autres le sont moins tels que 4 vitamines, l’acide urique, la créatine et la L-carnitine. Ces résultats démontrent la pertinence d’une approche non ciblée appliquée à une matrice fermentée et solide telle que le fromage, pour détecter des différences, même subtiles donnant accès à de nouvelles connaissances. Cette approche peut être utilisée pour explorer les variations du métabolome en fonction de la biodiversité de la microflore des aliments fermentés ou de différents facteurs technologiques