Compte tenu de l’information incomplète dont on dispose quant aux pratiques culturales des exploitants agricoles, il n’est pas toujours optimal de baser les politiques de lutte contre la pollution d’origine agricole de l’eau exclusivement sur un mode de taxation. Symétriquement, un système entièrement assis sur des subventions se justifie mal dans le cadre de certaines cultures déjà largement subventionnées au niveau européen. Dans cet article, nous montrons qu’une alternative possible consiste à établir un contrat entre l’agriculteur et le régulateur qui combine un contrôle aléatoire des pratiques culturales avec des pénalités ou des compensations financières selon le comportement environnemental observé. Ce système d’audit doit reposer sur des indicateurs fiables des caractéristiques hydrologiques, pédologiques et agronomiques des parcelles étudiées. D’un point de vue plus pratique, nous discutons de la fiabilité et de la disponibilité de tels indicateurs dans le cadre spécifique de la pollution de la nappe phréatique d’Alsace par les activités agricoles et nous évoquons la politique de contrôle mise en place dans des zones de captage de l’eau dans le Bade-Wurtemberg en Allemagne.