Les virus constituent l’entité biologique la plus abondante dans les écosystèmes aquatiques. Ce sont, on le sait, des parasites obligatoires capables d’infecter potentiellement toutes les cellules vivantes (de la cellule humaine à la bactérie) et l’on reconnaît aujourd’hui que les conséquences de leurs activités sur la structure et le fonctionnement des écosystèmes aquatiques sont considérables. Les virus interviennent dans de nombreux processus écologiques et biogéochimiques, tels que le recyclage des nutriments, la mortalité bactérienne et algale, et affectent également la diversité de l’ensemble du compartiment microbien de manière directe ou indirecte. Cet article a pour but de dresser l’état des connaissances de l’écologie des virus planctoniques, acquises au cours des 15 dernières années avec le développement d’outils méthodologiques toujours plus performants.