The rainbow trout genome provides novel insights into evolution after whole-genome duplication in vertebrates.
Camille Berthelot
(1, 2)
,
Frédéric Brunet
(3, 4)
,
Domitille Chalopin
(3, 4)
,
Amélie Juanchich
(5)
,
Maria Bernard
(6)
,
Benjamin Noël
(6)
,
Pascal Bento
(6)
,
Corinne da Silva
(6)
,
Karine Labadie
(7)
,
Adriana A. Alberti
(7)
,
Jean-Marc Aury
(6)
,
Alexandra Louis
(1)
,
Patrice Dehais
(8)
,
Philippe Bardou
(8)
,
Jérôme Montfort
(5)
,
Christophe C. Klopp
(9)
,
Cédric Cabau
(8)
,
Christine Gaspin
(9)
,
Gary H Thorgaard
(10)
,
Mekki Boussaha
(11)
,
Edwige Quillet
(11)
,
René Guyomard
(11)
,
Delphine Galiana-Arnoux
(4)
,
Julien Bobe
(5)
,
Jean-Nicolas Volff
(4)
,
Carine Genet
(11)
,
Patrick Wincker
(7, 12, 13)
,
Olivier Jaillon
(12, 13, 7)
,
Hugues Roest Crollius
(1)
,
Yann Guiguen
(5)
1
IBENS -
Institut de biologie de l'ENS Paris
2 Welcome Trust Genome Campus, Hinxton
3 ENS de Lyon - École normale supérieure de Lyon
4 IGFL - Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon
5 LPGP - Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons
6 LBGB - Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
7 GENOSCOPE - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
8 GenPhySE - Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage
9 UBIA - Unité de Biométrie et Intelligence Artificielle (ancêtre de MIAT)
10 School of Biological Sciences
11 GABI - Génétique Animale et Biologie Intégrative
12 UEVE - Université d'Évry-Val-d'Essonne
13 UMR 8030 - Génomique métabolique
2 Welcome Trust Genome Campus, Hinxton
3 ENS de Lyon - École normale supérieure de Lyon
4 IGFL - Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon
5 LPGP - Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons
6 LBGB - Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
7 GENOSCOPE - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
8 GenPhySE - Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage
9 UBIA - Unité de Biométrie et Intelligence Artificielle (ancêtre de MIAT)
10 School of Biological Sciences
11 GABI - Génétique Animale et Biologie Intégrative
12 UEVE - Université d'Évry-Val-d'Essonne
13 UMR 8030 - Génomique métabolique
Camille Berthelot
- Fonction : Auteur
- PersonId : 763239
- ORCID : 0000-0001-5054-2690
- IdRef : 164058737
Amélie Juanchich
- Fonction : Auteur
- PersonId : 736049
- IdHAL : amelie-juanchich
Maria Bernard
- Fonction : Auteur
- PersonId : 744400
- IdHAL : maria-bernard
- ORCID : 0000-0001-9005-5563
Benjamin Noël
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1168862
- ORCID : 0000-0002-5830-3253
Corinne da Silva
- Fonction : Auteur
- PersonId : 908690
- IdHAL : corinne-da-silva
Karine Labadie
- Fonction : Auteur
- PersonId : 757912
- ORCID : 0000-0001-7467-8509
- IdRef : 089020235
Adriana A. Alberti
- Fonction : Auteur
- PersonId : 183113
- IdHAL : adriana-alberti
- ORCID : 0000-0003-3372-9423
Jean-Marc Aury
- Fonction : Auteur
- PersonId : 756899
- IdHAL : jean-marc-aury
- ORCID : 0000-0003-1718-3010
Alexandra Louis
- Fonction : Auteur
- PersonId : 748563
- IdHAL : alexandra-louis
- ORCID : 0000-0001-7032-5650
- IdRef : 067130488
Patrice Dehais
- Fonction : Auteur
- PersonId : 744220
- IdHAL : patrice-dehais
Philippe Bardou
- Fonction : Auteur
- PersonId : 737785
- IdHAL : philippe-bardou
- ORCID : 0000-0002-0004-0251
Jérôme Montfort
- Fonction : Auteur
- PersonId : 739749
- IdHAL : jerome-montfort
Christophe C. Klopp
- Fonction : Auteur
- PersonId : 735911
- IdHAL : 0000-0001-7126-5477
- ORCID : 0000-0001-7126-5477
Cédric Cabau
- Fonction : Auteur
- PersonId : 736396
- IdHAL : cedric-cabau
- ORCID : 0000-0001-8560-4003
- IdRef : 236613405
Christine Gaspin
- Fonction : Auteur
- PersonId : 735771
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- ORCID : 0000-0003-0304-5186
- IdRef : 081431481
Mekki Boussaha
- Fonction : Auteur
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- IdHAL : mekki-boussaha
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Edwige Quillet
- Fonction : Auteur
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- IdHAL : edwige-quillet
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Julien Bobe
- Fonction : Auteur
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- IdHAL : julien-bobe
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Carine Genet
- Fonction : Auteur
- PersonId : 735897
- IdHAL : carine-genet
- ORCID : 0000-0002-3734-9017
- IdRef : 068018630
Patrick Wincker
- Fonction : Auteur
- PersonId : 757160
- IdHAL : patrick-wincker
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Olivier Jaillon
- Fonction : Auteur
- PersonId : 756900
- IdHAL : olivier-jaillon
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- IdRef : 119733374
Hugues Roest Crollius
- Fonction : Auteur
- PersonId : 175223
- IdHAL : hugues-roest-crollius
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Yann Guiguen
- Fonction : Auteur
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- IdRef : 094996423
Résumé
Vertebrate evolution has been shaped by several rounds of whole-genome duplications (WGDs) that are often suggested to be associated with adaptive radiations and evolutionary innovations. Due to an additional round of WGD, the rainbow trout genome offers a unique opportunity to investigate the early evolutionary fate of a duplicated vertebrate genome. Here we show that after 100 million years of evolution the two ancestral subgenomes have remained extremely collinear, despite the loss of half of the duplicated protein-coding genes, mostly through pseudogenization. In striking contrast is the fate of miRNA genes that have almost all been retained as duplicated copies. The slow and stepwise rediploidization process characterized here challenges the current hypothesis that WGD is followed by massive and rapid genomic reorganizations and gene deletions.
Domaines
Sciences du Vivant [q-bio]
Origine : Fichiers éditeurs autorisés sur une archive ouverte