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Communication Dans Un Congrès Année : 2011

Essais inter-laboratoire pour évaluer le standard ISO 11063 ‘Qualité du sol – méthode pour l’extraction directe des acides nucléiques du sol’

Antonio Bispo
Thierry Chesnot
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 771061
  • IdRef : 073330647
Karine Laval
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 1089697
  • IdHAL : karinelaval
Thierry Lebeau
Corinne Leyval
Pascal Simonet

Résumé

L’extraction directe des acides nucléiques de microorganismes du sol est une étape cruciale de l’analyse moléculaire des communautés microbiennes du sol. Cependant, l’utilisation de nombreux protocoles d’extraction, chacun présent des biais, rendent difficile la comparaison des jeux de données. Cette déficience est d’autant plus dommageable que les méthodes moléculaires présentent un débit élevé et, en conséquence, génèrent de nombreuses données. Avec de surpasser cette problématique, en 2006 l’INRA a proposé à l’ISO une méthode d’extraction directe de l’ADN du sol. Cette méthode a été évaluée par 13 laboratoires européens indépendants au travers d’un essai interlaboratoire Français et d’un essai international. La reproductibilité de la méthode d’extraction des acides nucléiques du sol a été évaluée en comparant les quantités d’ADN, l’abondance et la structure génétique de communautés microbiennes extraits de 12 sols différents. Basés sur les résultats des essais interlaboratoires, la méthode a été approuvée à l’unanimité par les 21 pays votant à l’ISO. Le standard ISO11063 décrivant cette méthode a été publié par l’ISO. Il est en cours de traduction pour être publié en Français par l’AFNOR. Les résultats des essais interlaboratoires seront présentés et les perspectives offertes par ce nouveau standard en terme d’évaluation post-homologation de produits phytosanitaires discutées.Petric I., Philippot L., Abbate, Abbate C., Bispo A., Chesnot T., Hallin S., Laval K., Lebeau T., Lemanceau P., Leyval C., Lindstrom K., Pandard P., Romero E., Sarr A., Schloter M, Simonet P., Smalla K., Wilke B.M., Martin-Laurent F. 2011. Inter-laboratory evaluation of the ISO standard 11063 "Soil quality - Method to directly extract DNA from soil samples". J. Microbiol. Meth. 84:454-460.

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Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)
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Dates et versions

hal-01191131 , version 1 (03-06-2020)

Identifiants

  • HAL Id : hal-01191131 , version 1
  • PRODINRA : 165537

Citer

Ines Petric, Laurent Philippot, Cristina Abbate, Antonio Bispo, Thierry Chesnot, et al.. Essais inter-laboratoire pour évaluer le standard ISO 11063 ‘Qualité du sol – méthode pour l’extraction directe des acides nucléiques du sol’. 4. séminaire d'Ecotoxicologie, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Agroécologie (1347)., Nov 2011, Saint Lager, France. 133 p. ⟨hal-01191131⟩
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