Les analyses polliniques effectuées ces dernières années sur le Jura concernent surtout la Protohistoire, la période gallo-romaine et le Moyen Age. Les phases successives d’emprises et de déprises agricoles sont maintenant bien connues. La faible emprise du Bronze ancien est suivie d’une déprise agricole couvrant une bonne partie du Bronze Moyen sinon sa totalité. Il faut attendre le début du premier millénaire avant J.-C. pour voir apparaître une forte emprise agricole qui marquera la presque totalité du Bronze final. L’âge du Fer reste plus difficile à cerner surtout parce qu’il est difficile d’obtenir des dates radiocarbone précises pour cette période. L’époque gallo-romaine voit le retour d’un signal pollinique homogène montrant une emprise agricole plus ou moins importante selon l’altitude. La déprise de la transition entre l’époque gallo-romaine et le Haut Moyen-Age illustre une fois de plus la non linéarité de ces processus. Il faut attendre le VIIe siècle, et surtout le VIIIe siècle, pour voir réapparaître un signal anthropique régulier, et arriver aux alentours de l’an Mil pour constater un net recul de l’espace forestier. Le cortège de guerres et d’épidémies du XIVe siècle sonne le glas de la prospérité agricole médiévale. Le renouveau qui se dessine à l’orée du XVe siècle correspond à une nouvelle phase d’emprise agricole jusque là inégalée et qui verra la quasi disparition des forêts du Massif jurassien. Une réflexion a été engagée sur l’origine de cette succession de phases d’emprises et de déprises agricoles. Il apparaît qu’il s’agit d’une combinaison complexe de facteurs sociaux-économiques et climatiques.