Étude de puissance pour la détection d'association directe et indirecte à partir de tables de contingence 2 × 2
Résumé
In this paper, we propose a power study comparing three widely-used association tests: χ2 test, Wald test and likelihood ratio test (LRT). Using simulations, we demonstrate that χ2 test always outperforms Wald test, while χ2 test and LRT display different behaviors with respect to the observed frequencies of the studied variables. The analysis of a Genome-wide association studies dataset has confirmed our simulations results and gives new insights in the detection of rare variants.
L'objectif de cet article est de comparer la puissance des tests d'association du χ2 , de Wald et de déviance, couramment utilisés pou étudier le lien entre deux variables qualitative à partir de tables de contingence. Nous avons tout d'abord mené une étude de puissance portant sur l'effet conjoint des fréquences observées pour chacune des deux variables. A partir de simulations nous avons pu montrer, d'une part, que le test du χ2 est systématiquement plus puissant que le test de Wald et d'autre part, que les tests du χ2 et de déviance ont des comportements différents. L'analyse d'un jeu de données pangénomiques a confirmé les résultats des simulations ouvrant des perspectives intéressantes quand à l étude de variants rares.
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