La gouvernance territoriale est devenue un enjeu majeur et une question centrale pour la mise en oeuvre des politiques publiques. Dans le cadre du programme de recherche en partenariat PSDR, un collectif hybride composé de chercheurs, de professionnels du développement territorial et d’acteurs locaux s’est réuni au sein du projet Gouv.Innov. En s’appuyant sur plusieurs terrains d’étude, ce collectif a progressivement construit une définition de la gouvernance territoriale ainsi qu’une grille d’analyse qui sont apparues suffisamment robustes pour traiter la multiplicité des situations rencontrées sur le terrain. Un guide méthodologique a ensuite été co-construit pour la mise en oeuvre de la gouvernance territoriale, visant surtout à faciliter l’apprentissage et à stimuler la réflexivité. Cet article présente les principaux résultats de ce projet de recherche en partenariat et les perspectives envisagées en insistant sur l’importance des apprentissages collectifs lors de la construction du guide. Nous concluons par une réflexion sur les modalités de mise en oeuvre et l’intérêt d’une recherche en partenariat telle qu’elle a pu être menée dans le projet Gouv.Innov et des premières retombées concrètes.