Le but de cet article est de proposer une méthodologie d'estimation des coûts de production agricole en phytosanitaires pour les grandes cultures permettant de prendre en compte la variabilité des dépenses induite par l'hétérogénéité des profils d'usage des exploitants agricoles. Après avoir rappelé le contexte institutionnel dans lequel s'impose l'objectif de réduction des phytosanitaires, les auteurs présentent l'approche par la régression quantile, méthodologie retenue afin d'évaluer les coûts en phytosanitaires pour les grandes cultures en France. Puis les auteurs détaillent les estimations obtenues selon d'une part les critères d'estimation (surfaces ou produits bruts) et d'autre part, les types de structures (bassin de production, orientation technico-économique, classe de dimension économique). Enfin, les auteurs discutent de la validité empirique des résultats en suggèrent une extension de ces analyses au plan européen.