Forte de 225 exploitations agricoles totalisant 13 545 ha de surface agricole utile (SAU), au début de l'année 2000, l'agriculture biologique comtoise représente (en nombre d'exploitations et en surface) 5 % de l'agriculture biologique française alors que la région ne pèse que 2,5 % de l'agriculture nationale. Mieux encore, en France, 20% de la production laitière biologique est assurée par la Franche-Comté.