L'étude de l'épidémiologie des infections doit permettre d'identifier le mode d'acquisition du micro-organisme responsable, les modes de transmission, la dynamique de la colonisation, et les facteurs de risque d'infection. Ce type d'étude suppose que la comparaison des souches isolées des malades et de leur environnement permette d'établir leur degré de similitude génétique. C'est dans ce cadre que se placent le développement et l'évaluation des marqueurs phénotypiques et génotypiques et la validation des stratégies de typage adaptées aux différents micro-organismes impliqués dans les infections nosocomiales et communautaires.