La chémoinformatique utilise des méthodes issues de l'informatique, plus particulièrement la théorie des graphes et l'apprentissage automatique, afin de classifier ou prédire les propriétés de bases de molécules. Dans ce contexte, les noyaux sur graphes fournissent une approche intéressante en combinant les méthodes d'apprentissage automatique et la repré- sentation naturelle des molécules par graphes. Parmi les méthodes basées sur les noyaux sur graphes, la décomposition du graphe en sous structures représente une importante famille de noyau. Dans cet article, nous présentons deux extensions d'un noyau précédemment basé sur les sous structures non étiquetées à l'énumération de sous structures étiquetées et à la prise en compte de l'information cyclique des molécules. Nous proposons également des méthodes de sélection de variables permettant de pondérer un ensemble de sous structures afin d'améliorer la précision de la prédiction