Les travaux conduits dans le Grand Ouest sur les écosystèmes d'eau douce, montrent que les facteurs locaux et anthropiques, notamment l'agriculture, jouent un rôle fort sur l'évolution (1) de la croissance des juvéniles de poissons (salmonidés), trait d'histoire de vie essentiel du développement d'une trajectoire individuelle et (2) de l'habitat aquatique, structurant l'organisation du peuplement ichthyologique. Pour l'exemple, la comparaison des habitats, en particulier de la granulométrie des substrats entre 1996 et 2009, montre une augmentation des recouvrements de faciès plats et de granulométrie sableuse et un développement plus important des macrophytes liés à la présence d'un substrat mixte, attribué à l'augmentation de l'érosion hydrique, elle-même liée à l'occupation des sols, leur gestion et la gestion des ripisylves. Le réchauffement climatique vu dans un premier temps sous l'angle thermique ne peut être considéré pour l'instant comme un facteur direct d'évolution des petits fleuves et de leurs compartiments physiques et biologiques.