L'évolution des systèmes de capture des données concernant les objets mobiles a donné naissance à de nouvelles générations d'applications dans différents domaines. Les données capturées, communément appelées "trajectoires", sont au coeur des applications qui analysent et supervisent le trafic routier, maritime et aérien ou également celles qui optimisent le transport public. Elles sont aussi exploitées dans les domaines du jeu vidéo, le cinéma ou le sport par les systèmes de capture des mouvements. Dans cet article, nous présentons un travail issu d'une collaboration avec une équipe de recherche qui s'intéresse à l'analyse et la compréhension des comportements des mammifères marins dans leur milieu naturel. On présente quelques requêtes qui intéressent les experts du domaine qui montrent l'impossibilité d'exploiter les trajectoires dans leurs états bruts. En effet, l'analyse de ces requêtes fait ressortir trois types de composantes sémantiques : thématique, spatiale et temporelle. Ces composantes doivent être rattachées aux données des trajectoires ce qui conduit à introduire un processus d'annotation qui transforme les trajectoires brutes en trajectoires sémantiques. Pour exploiter les trajectoires sémantiques, on construit une ontologie du domaine qui modélise les données brutes et leurs annotations à travers des règles métiers. L'ontologie du domaine est reliée à des ontologies spatiales et temporelles. Cette intégration nous permet d'envisager des requêtes nécessitant un raisonnement complet combinant à la fois des concepts du domaine et d'autres en relation avec le temps ou l'espace. Enfin, cet article présente la difficulté de mise en oeuvre sur des données de taille réelles (des centaines de milliers d'individus) lors du raisonnement à travers les mécanismes d'inférence utilisant des règles métiers.