Nous considérons des systèmes pair-à-pair pour le partage de documents dans lesquels chaque pair utilise une ontologie pour représenter ses documents. Lorsque tous les pairs n'utilisent pas la même ontologie, le système est sémantiquement hétérogène, ce qui constitue à priori un frein à l'interopérabilité. Nous proposons un système dont l'organisation générique en couches logicielles sépare les algorithmes dédiés à la diminution de l'hétérogénéité de ceux utilisés pour la recherche d'information sémantique distribuée. Dans ce contexte, nous proposons une méthode de recherche d'information, puis nous focalisons sur l'impact qu'ont des algorithmes dédiés à la diminution de l'hétérogénéité sur l'interopérabilité (mesurée en termes de précision/rappel). Nos expérimentations considèrent des ontologies du domaine bio-médical et des documents issus de la base PubMed. Nous mesurons l'hétérogénéité sémantique du système et le taux de précision/rappel obtenus avant et après avoir appliqué deux algorithmes visant à diminuer l'hétérogénéité.