En biologie, des études montrent que derrière la réalité fonctionnelle des molécules se cache une architecture spatiale. Ainsi, pour comprendre cette corrélation, il est nécessaire de comprendre les raisons et les mécanismes mis en place. Toutefois, la plupart des recherches menées demandent un ensemble d'expérimentations qui s'avèrent coûteuses en temps et en moyens financiers. Les simulations numériques ont montré leur intérêt dans ce domaine. Ainsi, un grand nombre de systèmes d'analyse moléculaire ont vu le jour. Certains sont dédiés uniquement à la visualisation 3D et d'autres à la manipulation des molécules, bénéficiant des techniques d'interaction 3D et des dispositifs de la réalité virtuelle.