Deux sortes d'approches sont utilisées pour évaluer les effets des aires marines protégées (AMP) sur les pêcheries et la conservation biologique : (i) la modélisation statistique de données de terrain et (ii) la modélisation mathématique qui quantifie les conséquences des AMP sur la dynamique des populations, des peuplements et des pêcheries. Les modèles statistiques fournissent un diagnostic sur l'impact des AMP sur les écosystèmes et les ressources; ils sont également nécessaires pour mettre au point et évaluer des protocoles d'échantillonnage pour les programmes de suivi. Les modèles dynamiques permettent d'explorer les conséquences de différentes configurations de AMP et d'autres mesures de gestion. Nous faisons une brève revue bibliographique des applications de chacune de ces approches et identifions des indicateurs potentiels des effets des AMP, tels qu'ils peuvent être obtenus par chaque approche, dans le but de fournir un avis scientifique aux gestionnaires. Nous discutons ensuite des faiblesses méthodologiques qui nuisent à l'évaluation des effets des AMP et à la construction d'indicateurs appropriés et nous présentons des développements récents en la matière. Pour finir, nous proposons des pistes pour réconcilier les deux approches sur la base de leur complémentarité, afin d'en déduire des indicateurs adéquats pour aider à la prise de décisions. Dans cette optique, nous suggérons de plus que les gestionnaires de AMP soient associés dès le départ à la mise au point et à la construction des indicateurs.