Les jeux sérieux constituent aujourd'hui un outil de formation de plus en plus utilisé en entreprise. La question de l'efficacité de ce type de dispositif sur l'apprentissage constitue un enjeu de recherche. Les indicateurs fournis à l'issue d'un jeu vidéo sont insuffisants pour suivre et comprendre le parcours d'un joueur/apprenant. Il est donc nécessaire de mettre en place non seulement un tracking des actions du joueur, mais aussi des outils d'analyse et de diagnostic automatique des connaissances de l'apprenant. Nous proposons une démarche de suivi de l'apprenant a posteriori basée sur les réseaux de Petri, outil de modélisation de systèmes dynamiques, utilisés ici afin de représenter les comportements experts. Nous complétons notre démarche à l'aide d'une ontologie dont le rôle est de modéliser les connaissances du domaine en décrivant les relations entre les concepts du domaine, entre les actions de jeu et entre les concepts et les actions.