L'ichtyofaune estuarienne est à la fois diverse et hétérogène. Ses grands traits écologiques rendent difficile la mise en place d'un programme de suivi. Un échantillonnage rétrospectif des données de chalutage acquises par le Cemagref depuis 1994 sur l'estuaire de la Gironde nous a permis de définir les bases d'un protocole de suivi de la richesse ichtyofaunistique en milieu estuarien compatible avec les objectifs de la Directive cadre européenne sur l'eau (DCE) adoptée en juin 2000. Un programme d'échantillonnage situé entre vingt et trente traits de chalut à deux périodes de l'année, en automne et au printemps, apparaît suffisant pour avoir une bonne représentativité de la diversité spécifique sur l'année. Nous préconisons d'adopter une stratégie qui consisterait à effectuer trois années d'échantillonnage consécutives tous les trois, quatre ou cinq ans. / The estuarine fish fauna is both diverse and heterogeneous. Its main ecological features make difficult the development of a monitoring program. A retrospective sampling of the trawling data collected by the Cemagref since 1994 allowed us to define the basis for a monitoring protocol of the estuarine fish species diversity consistent with the objectives of the new Water Framework Directive (WFD). A sampling effort between 20 and 30 trawl hauls twice a year, in autumn and spring, can be sufficient to correctly describe the species richness of the year. We recommend to adopt a strategy that would consist to sample 3 consecutives years every 3, 4 or 5 years.