La complexité accrue des entreprises a fait émerger différents défis auxquels toute entreprise doit faire face pour assurer sa compétitivité, principalement lorsqu'elle évolue dans un environnement de plus en plus caractérisé par des changements rapides. L'interopérabilité d'entreprise est désormais considérée comme un enjeu majeur pour assurer une performance attendue dans le cadre d'un réseau d'entreprise. Dans ce contexte, la modélisation d'entreprise est un pré-requis pour permettre la compréhension et l'analyse du fonctionnement des entreprises et de leurs interactions. Elle repose sur des modèles très divers afin de représenter les fonctions, la dynamique, les informations ou encore les ressources d'une entreprise donnée. Cependant, les problèmes émergent souvent d'un manque de compréhension de la sémantique des modèles d'entreprises développés. Ces modèles résultent, typiquement, de la mise en commun de diverses expériences de modélisation, tout en utilisant des outils et des méthodes différentes. Nous décrivons dans ce papier les défis associés à l'extraction de la sémantique essentiellement appliquée aux modèles de systèmes d'information et nous proposons une feuille de route pour en extraire automatiquement la structure (sous forme d'agrégats), facilitant ainsi la compréhension de la connaissance incorporée dans le cœur des modèles d'entreprise.