Nous verrons dans le cadre de cet article que l'extraction de connaissances à partir de textes relève avant tout de la linguistique textuelle dont un des principes est l'incomplétude des textes ; et qu'il est difficile de prendre en considération les connaissances extralinguistiques nécessaires à leur compréhension. L'utilisation de figures de style, telles que la métonymie et la synecdoque, modifie profondément la perception que nous pouvons avoir des concepts du domaine. La structure conceptuelle extraite à partir de textes n'est pas une ontologie, comprise comme connaissance consensuelle et générale (non contingente) partagée par une communauté d'acteurs, mais est du ressort de la sémantique lexicale : structure conceptuelle du domaine et structure lexicale ne se superposent pas. Si le langage naturel n'est pas un mode d'expression adapté à la description d'ontologies, nous verrons également que les langages formels posent un certain nombre de problèmes qui leur sont propres. La modélisation d'ontologies reste avant tout un problème épistémologique