De nombreuses découvertes scientifiques sont contraintes aujourd'hui par la difficile intégration des données misent à disposition dans différentes ressources. L'utilisation d'ontologies pour indexer et intégrer les ressources de données est un moyen de valoriser la connaissance d'un domaine en facilitant la recherche et la fouille de données. Dans cet article nous présentons un mécanisme d'indexation de ressources de données textuelles dirigé par les ontologies. Nous détaillons la création et l'utilisation d'un index de ressources de données biomédicales qui fournit un accès uniforme à plus d'une vingtaine de ressources indexées avec plus de 200 ontologies. Cet index est accessible via la plateforme Web BioPortal du Centre National pour les Ontologies Biomédicales (NCBO) : http://bioportal.bioontology.org/.