Dans le Grand Ouest de la France, la protection de la qualité de l'eau est devenue une préoccupation majeure pour bon nombre d'agriculteurs et un objectif pour les organisations agricoles. Les différentes actions conduites se limitent cependant à l'échelle de l'exploitation agricole. Or, pour être bien raisonnées, elles doivent être intégrées à l'échelle du territoire rural et à l'échelle des bassins versants. C'est dans cet esprit qu'une action de Recherche-Développement pluri-acteurs a été engagée depuis 1997. Une étude fine du petit bassin amont du Cétrais à Nozay (34 km2) permet de formaliser un diagnostic de risque de pollutions diffuses agricoles, qui pourra, à terme, fournir des références et des démarches applicables au bassin du Don, beaucoup plus vaste (600 km2). Dans le cadre de cet article, nous présentons la mise au point d'une démarche de diagnostic des risques de pollutions diffuses sur ce petit bassin agricole. Cette démarche a été appliquée simultanément aux nitrates et aux produits phytosanitaires. Le rapprochement de ces deux axes de diagnostic a notamment permis d'analyser des éléments fondamentaux comme les différences de comportement et de périodes " à risque ", pour les nitrates et les produits phytosanitaires. Pour le diagnostic de risque de pollution diffuse par les nitrates, les travaux ont débouché sur la formulation d'indicateurs, plus simples à mettre en application que des modèles. Les travaux menés ont permis de poser les bases de la généralisation de ce diagnostic à des bassins de plus grande taille. Pour les produits phytosanitaires, des indicateurs particuliers sont proposés et des travaux restent nécessaires pour mettre en évidence le rôle des fossés dans les transferts. Il conviendra par ailleurs d'élaborer des outils de suivi de modifications de pratiques sur de grands bassins versants. / In the western part of France, the protection of surface waters has become of major concern for farmers and agricultural organisations. But most of the programs implemented for the restoration of water quality act at the farm level. In fact, a greater efficiency would be reached if the restoration programs could be reasoned both at field and watershed levels. To help managers to implement such programs, a research has been developped since 1997. The monitoring of farmers' practices and water quality on a small watershed (Cétrais watershed, 34 square kilometers) has allowed the building of a non point source pollution risk diagnosis, which will soon supply managers with references and methods for Don watershed, which is much larger (600 square kilometers). In this paper, we discuss the method of non point source pollution risk diagnosis which has been build on the smaller watershed. the method has been applied both on nitrogen and pesticides. The comparisons between these two diagnosis axis has shown great differences in the main pathways and risk eriods for the two molecules. For nitrogen pollution, the diagnosis has allowed the building of pollution risk indexes, more simple to use than models. Extrapolation to larger watersheds has been explored. For pesticides, particular indexes are proposed, but more work is still necessary to describe the importance of flows and retention in ditches.