L'agglomération antique de Mandeure-Mathay (Epomanduodurum), considérée comme la seconde du pays Séquane par la taille et la parure monumentale, derrière la capitale de cité, Besançon (Marc et al. 2007), fait l'objet d'un Programme Collectif de Recherche depuis 2001. Il vise à une compréhension globale du fonctionnement de la ville et de son espace territorial, suivant une démarche diachronique et pluridisciplinaire. D'un point de vue paléohydrographique quelques grandes questions ont été retenues comme colonne vertébrale du projet scientifique. Suivant quelles modalités l'agglomération du Haut-Empire se développe-t-elle et s'organise-t-elle à l'intérieur de la boucle du Doubs, quelle est la part des facteurs naturels dans cette organisation ? Concernant ces deux aspects de notre recherche, les études conduites depuis 2005 sur le site d'Epomanduodurum, nous ont permis d'acquérir de nouvelles informations sur les dynamiques hydrologiques et sur les relations homme-milieu dans ce secteur de la moyenne vallée du Doubs.