L'invention concerne un système de surveillance autonome, en continu et in situ de la qualité d'une eau comportant :-un élément inférieur (85) avec un logement (91) destiné à accueillir un dispositif de détection en temps réel (31) de microorganismes pathogènes ledit dispositif de détection comprenant au moins un biocapteur comportant au moins une couche réceptrice de matériau biologique permettant la reconnaissance des microorganismes pathogènes par des réactions du type anticorps-antigènes; -un élément intermédiaire (87) connecté électriquement avec le dispositif de détection (31) de microorganismes pathogènes par des liaisons électriques (93) et comportant des connexions électriques (95) extérieures pour connecter le dispositif de détection (31) de microorganismes pathogènes à un module électronique ; et-un élément supérieur (89) fermé permettant une circulation continue de l'eau à surveiller et comportant une chambre étanche (99) permettant d'amener l'eau en contact avec ladite couche réceptrice du dispositif de détection (31) de microorganismes pathogènes.