Analyse des groupes de gènes co-exprimés : un outil automatique pour l'interprétation des expériences de biopuces (version étendue) - Archive ouverte HAL Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Revue des Nouvelles Technologies de l'Information Année : 2008

Analyse des groupes de gènes co-exprimés : un outil automatique pour l'interprétation des expériences de biopuces (version étendue)

Résumé

La technologie des biopuces permet de mesurer les niveaux d'expression de milliers de gènes dans différentes conditions biologiques générant ainsi des masses de données à analyser. De nos jours, l'interprétation de ces volumineux jeux de donnés à la lumière des différentes sources d'informations est l'un des principaux défis dans la bio-informatique. Nous avons développé une nouvelle méthode appelée AGGC (Analyse des Groupes de Gènes Co-exprimés) qui permet de constituer de manière automatique des groupes de gènes à la fois fonctionnellement riches, i.e. qui partagent les mêmes annotations fonctionnelles, et co-exprimés. AGGC intègre l'information issue des biopuces, i.e. les profils d'expression des gènes, avec les annotations fonctionnelles des gènes obtenues à partir des sources d'informations génomiques comme Gene Ontology. Les expérimentations menées avec cette méthode ont permis de mettre en évidence les principaux groupes de gènes fonctionnellement riches et co-exprimés dans des expériences de biopuces. Programme et informations annexes : http://keia.i3s.unice.fr/?Implementations:CGGA.
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Analyse_des_groupes_de_genes_co-exprimes_un_outil_automatique_pour_l_interpretation_des_experiences_de_biopuces_Martinez_et_al._RNTI_2008.PDF (178.2 Ko) Télécharger le fichier
Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)
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Dates et versions

hal-00361718 , version 1 (26-04-2010)

Identifiants

  • HAL Id : hal-00361718 , version 1

Citer

Ricardo Martinez, Nicolas Pasquier, Claude R. Pasquier, Martine Collard, Lucero Lopez-Perez. Analyse des groupes de gènes co-exprimés : un outil automatique pour l'interprétation des expériences de biopuces (version étendue). Revue des Nouvelles Technologies de l'Information, 2008, Classification : points de vue croisés, Chapitre XXI. ⟨hal-00361718⟩
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