L'auto-adaptation des protocoles de communication est un enjeu majeur dans la conception des futurs services de l'Internet ambiant. Ceux-ci auront en effet à répondre aux besoins dynamiques d'applications complexes, mobiles et coopératives, distribuées dans des environnements réseaux hétérogènes, en partie sans fil et ad hoc, aux contraintes variables et évolutives. Dans ce nouveau contexte, dynamique à différents niveaux, les protocoles de bout en bout à architecture modulaire apparaissent comme un support privilégié pour l'auto-adaptation au contexte. Les contributions présentées dans cet article s'inscrivent dans cette approche et adressent le problème du choix d'architecture interne des protocoles auto configurables. Partant des propositions de protocoles à architecture modulaire issues des travaux de recherche actuels, nous proposons un modèle analytique pour guider le processus de décision, que nous confrontons ensuite, au travers d'un cas d'étude, à des mesures des performances réalisées sur une plateforme d'évaluation de protocoles à architecture configurable.